药师佛灌顶真言仪轨（去病消灾）
药师仪轨
南无善名称吉祥王如来
南无宝月智严光音自在王如来
南无金色宝光妙行成就如来
南无无忧最胜吉祥如来
南无法海雷音如来
南无法海胜慧游戏神通如来
南无药师琉璃光如来
药师偈
藥师如来琉璃光 焰网庄严无等伦
无边行愿利有情 各遂所求皆不退
南无东方净琉璃世界消灾延寿藥师佛
南无消灾延寿藥师佛(三称)
南无日光徧照菩萨(三称)
南无月光徧照菩萨(三称)
奉请十二藥叉大将
奉请宫毗罗大将，
奉请伐折罗大将，
奉请迷企罗大将，
奉请安底罗大将，
奉请頞你罗大将，
奉请珊底罗大将，
奉请因达罗大将，
奉请波夷罗大将，
奉请摩虎罗大将，
奉请真达罗大将，
奉请招杜罗大将，
奉请毗羯罗大将
南无藥师会上佛菩萨(三称)
南无本师释迦牟尼佛(三称)
藥师灌顶真言（三遍）
南無薄伽伐帝 鞞殺社
窶嚕薜琉璃 缽喇婆
喝囉闍也 怛他揭多也
阿囉喝帝 三藐三勃陀耶
怛姪他 唵 鞞殺逝
鞞殺逝 鞞殺社 三沒揭帝莎訶
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藥师佛心咒（三遍）
爹雅他 嗡 贝卡匝耶 贝卡匝耶 哈贝卡匝耶 惹杂 萨蒙噶得 梭哈
消病咒（三遍）
唵。室哩多。室哩多。军吒利。莎婆诃
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解冤偈（三遍）
解结解结解冤结。
解了多生冤和业。
洗心涤虑发虔诚。
今对佛前求解结。
药师佛。药师佛。
消灾延寿药师佛。
随心满愿药师佛。
回向
願消三障諸煩惱，願得智慧真明了
普願罪障悉消除，世世常行菩薩道
念药师佛灌顶真言全咒 7遍同时 观想 佛在 前上方 结跏趺坐 蓝色 放光！然后念 咒心 108遍！可不观想直接念！坚持一年必有大效验！
药师佛加持药物治病法
修此法以七日、二十一日、或四十九日为一期，每日修法一至三次。如专修此法以为常课，则功效更大！
南无本师释迦牟尼佛
南无本师释迦牟尼佛
南无本师释迦牟尼佛
归命满月界
净妙琉璃尊
法药救人天
因中十二愿
慈悲弘誓广
愿度诸含生
我今申赞扬
志心头面礼
南无东方净琉璃世界
大慈大悲本尊药师琉璃光王佛
南无东方净琉璃世界
大慈大悲本尊药师琉璃光王佛
南无东方净琉璃世界
大慈大悲本尊药师琉璃光王佛
南无日光遍照菩萨
南无月光遍照菩萨
南无十二金刚护法菩萨
南无东方净琉璃世界一切贤圣僧众
祈请文：
弟子○○○至诚祈求大慈大悲药师琉璃光如来及药师海会诸大圣众，不违本誓，怜悯有情，加持此药 (或食物或纯水或病人◎◎◎)令病人◎◎◎及法界一切有情众生，病苦消除，身心健康，寿命延长。
(求药师咒水的话，在念药师咒之前,合掌三称<南无药师琉璃光如来>,然后在瓶子上用右手无名指写<唵啊吽>，然后至诚祈求大慈大悲药师琉璃光如来加持此水(三遍)，然后就持诵药师咒108遍，这时候跪念或是坐着念站着念都可以,持诵的时候可以观想药师琉璃光如来将药品放到我们准备的水瓶中，这样子就可以求到药师咒水了!)
唵哑吽通常是写成“嗡啊吽”
十二神将饶益有情结愿神咒(四十九遍)(也就是药师咒）念时 观想 佛在 前上方 结跏趺坐 蓝色 放光！
{若有受持此咒，能灭身中过去生死一切重罪，不复径历三途远离九横，超越众苦，十方世界随处安乐自在无碍，诸有愿求，悉令满足。} https://v.qq.com/txp/iframe/player.html?vid=1mAL3WhAvup&width=500&height=375&auto=0
nā mó bó qié fá dě。pí shā shč。jù lǔ bě liú lí。
南谟薄伽伐帝。鞞杀社。窭噜薛琉璃。
bō lá pó。hé là shé yě。dá tuō jiē duō yě。
钵喇婆。喝啰阇也。怛他揭多也。
ā lŕ hē dģ。sān miǎo sān bó tuó yě。dá zhí tuō。
阿啰喝帝。三藐三勃陀耶。怛侄他。
ōng。pí shā shě。pí shā shě。pí shā shč。sān mó jiē dě suō hē。
唵。鞞杀逝。鞞杀逝。鞞杀社。三没揭帝莎诃。
药师心咒：(一○八○遍)
爹雅他。嗡。別卡子也。別卡子也。媽哈別卡子也。辣炸娑摩伽德黑。梭哈。
或：唵。鞞杀逝。鞞杀逝。鞞杀社。三没揭帝莎诃。
（可配合观想，观想药师佛光从头顶门而人贯穿全身，哪个部位有病，就观想佛光注入，病从手出，发出黑色的汗为止。亦可观想药师佛手上的佛果，请药师佛慈悲施药，注入杯中，变成似中药的颜色，药师咒水就完成。）
若有病苦者多加持念：
唵、室哩哆、室哩哆、军刹利、娑哈(soha)。108遍
回向：
愿以此功德，回向消灾弟子◎◎◎及法界一切有情众生，业障消除，福慧增长，病苦消除，身心健康，寿命延长。
如果用宝手印来加持108次的药师咒就更好（右手的倒数第二个手指伸出来，其余的手指并在一起，右旋来加持，这就是用宝手印加持，海涛法师说无福之人都会先断这个手指）！